两岸四地大学排名采用了人才培养、科学研究、师资质量和学校资源4大类13项指标的指标体系。两岸四地上榜高校在具体指标表现上也各具优势。

2016年软科中国两岸四地大学排名指标体系

人才培养方面，“研究生比例”单指标表现上，北京大学和中国科学技术大学并列第一；“留学生比例”上，澳门科技大学居于首位，港澳高校整体优势明显；“师生比”上，北京中医药大学得分最高。“博士学位授予数”上，北京大学名列榜首。“校友获奖”上，北京师范大学和台湾清华大学分别在总量和生均表现上脱颖而出。

科学研究方面，“科研经费”指标表现上，清华大学在总量上领先一众高校；香港大学在科研经费的师均值上居于首位。“顶尖论文”指标总量得分最高的为清华大学，师均表现上最高的是台湾清华大学。浙江大学和上海交通大学并列“国际论文”指标的总量第一，台湾阳明大学在师均表现上得分最高。“国际专利”指标上，清华大学总量得分第一，台湾清华大学师均得分第一。

师资质量方面，“博士学位教师比例”反映了高校教师的学历层次，在这一指标上，台湾清华大学和台湾中正大学并列第一；“教师获奖”方面，香港中文大学仍是两岸四地唯一有教师在本校获得诺贝尔奖的大学。中国科学技术大学和香港城市大学成为今年“高被引科学家”总量表现最好的高校，香港城市大学同时也摘得“高被引科学家”师均得分榜首。

学校资源方面，清华大学在“办学经费”总量上居于两岸四地大学首位；香港城市大学在生均办学经费上名列榜首。